Selain pembelajaran intra kurikuler dan proyek kokuriukuler, SMPK Santa Maria mengadakan berbagai jenis ekstra kurikuler yang mendukung siswa berkembang secara utuh. Jenis ekstra kurikuler baru dapat diadakan jika minmal 10 siswa mengusulkan kepada tim kesiswaan.
Ekstrakurikuler SMPK Santa Maria 2
Pramuka (Wajib)
Bola Basket
Futsal
Wushu
Band
Paduan Suara
Art Corner
Tradisional Dance
Modern Dance
Fashion
Teater
Marching Band
Klub Olimpiade Matematika
Klub Matematika
Klub IPA
Klub IPS
Klub Komputer
Jurnalistik
Palang Merah Remaja